La llamada «Guerra a muerte», librada entre las tropas patriotas y las montoneras realistas de Vicente Benavides, tuvo efectos devastadores para las haciendas situadas al sur del río Maule. Las guerrillas de Benavides tuvieron el apoyo de muchos pequeños campesinos de la región, que como sucedió con los hermanos Pincheira, se convirtieron en bandoleros. Asimismo, Benavides fue apoyado por los pehuenches, etnia que sufrió una virtual aniquilación durante el curso de la guerra. 

El término Guerra a Muerte fue gestado por el historiador chileno Benjamín Vicuña Mackenna en su obra homónima (La Guerra a Muerte, Santiago, 1868), aplicándose de forma generalizada para señalar la última fase de la guerra de emancipación chilena, llevada a cabo en la región centro y sur del país entre 1819 y 1832.

Durante la Segunda campaña al sur de Chile y finalizada esta, los mapuches se vieron envueltos en esta guerra tomando algunos el bando de los republicanos chilenos y otros, la gran mayoría, el bando realista en gran parte por respeto a los tratados firmados con la Corona Española o bien por conveniencias económicas. Algunos grupos se desplazaron hacia el actual territorio argentino diseminándose por las pampas y el norte de la Patagonia oriental, entre ellos los boroanos.

Entre los que apoyaron a los republicanos estaba el cacique Venancio Coñoepán (Coihuepán) que regía los lof entre Lumako y Cholchol, el cacique Lorenzo Colipí y los nagche en general.

El bando realista contó con el apoyo de los lafkenches cuyos principales caciques eran Huenchukir, Lincopi y Cheuquemilla. Los pehuenches liderados por Martín Toriano, Chuika y Juan Neculmán apoyaron también a los realistas, lo mismo que los grupos del área de Truftruf y los boroanos.

Los wenteches se alinearon también en este bando encabezados por Mariwán (o Marihuán) cacique del área de Victoria y Mangin Weno (o Mañil Bueno) y su hijo Ngidol Toki Kilapán.

El virrey del Perú, Joaquín de la Pezuela encargó al caudillo realista Vicente Benavides de sostener la resistencia armada en las posesiones del sur, aprovechando el apoyo de los grupos indígenas. Benavides controló los territorios fronterizos al sur del río Biobío dividido en tres frentes. Los llanos centrales estaban a cargo de Benavides, el cura Juan Antonio Ferrebú comandó el sector costero y los hermanos Pincheira se dedicaron al área cordillerana.

Después de varios enfrentamientos Benavides fue finalmente derrotado y luego de un intento de escape hacia el Perú es fusilado en 1822, debido a esto le sucedió por poco tiempo Juan Manuel Picó, quien fue emboscado por fuerzas chilenas en 1824, ese mismo año su segundo, Ferrebú fue fusilado.

Desde ese momento solo quedaron unas cuantas montoneras que fueron derrotadas, siendo el último en rendirse y capitular el capitán español Miguel de Senosiain en 1827. Luego de eso solo quedaron en esas zonas una serie de bandidos comandados principalmente por José Antonio Pincheira y sus hermanos que abandonaron la causa realista y se dedicaron al vandalismo en las zonas cordilleranas del sur de Chile y en las zonas pampeanas de la Argentina. Se mantuvo hasta su derrota en 1832 por tropas chilenas.

Consecuencias de la Guerra a Muerte

Al finalizar la Guerra a Muerte se logra la aniquilación de los realistas que se negaban rendirse y el control definitivo de la zona centro sur de Chile hasta las orillas del Río Biobío.

Si bien es cierto que aún quedaban soldados realistas al sur, éstos sólo se dedicaron al vandalismo y pronto serían derrotados en campañas posteriores que lanzaría el gobierno chileno contra las bandas de Miguel de Senosiaín y los hermanos Pincheira, siendo derrotada la última de estas bandas en el año 1832 en Lagunas de Epulafquen, en la Provincia del Neuquén.

En 1825 se logra la paz con los mapuches con el Parlamento de Tapihue con lo que se logra acordar el estatuto que regularía las relaciones entre la naciente República de Chile y el pueblo Mapuche encabezado por el Lonko Francisco Mariluán, quien dejó de apoyar las bandas realistas que aún se resistían en el sur. En el parlamento celebrado también se establece como frontera de ambos pueblos el río Bíobío.

La guerra provocó la emigración masiva de varias tribus araucanas a la pampa argentina, en particular los boroanos​ que lucharon del bando del rey. También los costinos, en cuyo territorio se desarrolló la mayor parte del conflicto, siendo muchos de ellos forzados a huir al interior.

La guerra también había traído consigo el secuestro de unas 20.000 personas por parte de las fuerzas de Vicente Benavides, los Hermanos Pincheira y sus aliados indios. Al ser derrotados los realistas, conseguir la paz definitiva con los indios y derrotar a los Pincheira, se lograría rescatar a esas personas.

En conclusión, la Guerra a Muerte fue extremadamente sangrienta y destructiva, se sufrió la pérdida de muchas vidas, tanto de militares como civiles. Los campos del sur quedaron devastados por los enfrentamientos, afectando la agricultura, cosa que obligó al Estado a buscar otra fuente económica para la recuperación del país recién nacido.

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